1E.19/1999
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich ersucht das Bundesgericht, die Beschwerde abzuweisen, soweit darauf einzutreten sei. Gemäss Antrag der Zürcher Baudirektion ist auf die Beschwerde nicht einzutreten und sind die Verfahrenskosten dem beschwerdeführenden Verein zu überbinden.
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.- Der Kanton Zürich stellt Antrag auf Nichteintreten auf die Verwaltungsgerichtsbeschwerde, weil die Beschwerdeführerin zur Teilnahme am nationalstrassenrechtlichen Einsprache- und Beschwerdeverfahren nicht berechtigt sei. Die beschwerdeführende Vereinigung ist jedoch unabhängig von ihrer Legitimation in der Sache selbst befugt, vor Bundesgericht geltend zu machen, sie sei zu Unrecht vom Verfahren ausgeschlossen worden (BGE 104 Ib 307 E. 3a S. 317; BGE 118
Ib 381 E. 2b/bb, 124 II 499 E. 1b, je mit zahlreichen Hinweisen). Auf die Beschwerde ist insoweit einzutreten. Dagegen kann auf die weiteren Vorbringen, welche die materielle
Beurteilung betreffen, nicht eingegangen werden.
2.- Das Verwaltungsgericht hat im angefochtenen Entscheid festgestellt, dass die Arbeitsgruppe autobahnfreies
Knonauer Amt nicht zu den gesamtschweizerischen Organisationen gehöre, die vom Bundesrat als berechtigt bezeichnet worden sind, in Umwelt-, Natur- oder Heimatschutz-Belangen Beschwerde zu führen. Sie wäre daher nur zur Beschwerde befugt, wenn sie statutengemäss im Interesse ihrer Mitglieder handelte und diese selbst in ihrer Mehrheit zur Beschwerde legitimiert wären. Letzteres wäre gemäss dem materiell mit
Art. 103 lit. a OG übereinstimmenden kantonalen Verfahrensrecht nur dann der Fall, wenn die Vereinsmitglieder durch die angefochtene Verfügung stärker als jedermann betroffen würden und in einer besonderen, beachtenswerten, nahen Beziehung zur Streitsache stünden. Nun habe die beschwerdeführende Vereinigung nicht dargelegt, inwiefern ihre Mitglieder durch den Bau der Nationalstrasse konkret berührt würden.
Die in der Beschwerdeschrift dargestellten umfangreichen politischen Aktivitäten der Arbeitsgruppe und ihrer Mitglieder im Zusammenhang mit dem Nationalstrassenbau im Knonauer Amt vermöchten keine Betroffenheit im Sinne der Rechtsprechung zu begründen. Sei aber nicht dargetan, dass die Mitglieder der Vereinigung selber zur Beschwerde befugt wären, bestehe nach dem Gesagten auch keine Legitimation der Vereinigung.
Was die Beschwerdeführerin gegen diese Erwägungen vorbringt, lässt den angefochtenen Entscheid nicht als unrechtmässig erscheinen. Soweit die Vereinigung in der eidgenössischen Verwaltungsgerichtsbeschwerde erneut auf das politische Engagement ihrer Mitglieder hinweist, gilt das bereits vom Verwaltungsgericht Gesagte. Die Bemerkung, es bestehe kein Anlass, die Beschwerdelegitimation so eng auszulegen, wie dies der Zürcher Regierungsrat und das Zürcher
Verwaltungsgericht getan hätten, ist nicht geeignet, irgendeine Rechtswidrigkeit aufzuzeigen. Die Vereinigung behauptet im Übrigen selbst nicht, dass sie die nahe Beziehung ihrer
Mitglieder zu den angefochtenen Projekten, welche nach bundesgerichtlicher Rechtsprechung vor allem in räumlicher Hinsicht gegeben sein muss (vgl. BGE 120 Ib 59 E. 1c mit Hinweis), im kantonalen Verfahren nachgewiesen hätte. Es wäre jedoch ihre Sache gewesen, diese Beziehung in ihrer Einsprache darzutun, da sich die Pflicht zur Begründung von
Einwendungen jedenfalls in Verfahren, in denen es um Grossprojekte mit weitem Betroffenenkreis geht, auch auf die
Frage der Legitimation erstreckt (BGE 120 Ib 431 E. 1 mit
Hinweis). Es hilft der Beschwerdeführerin deshalb nicht, dass sie sich vor Bundesgericht bereit erklärt, eine Mitgliederliste nachzureichen, die allerdings vertraulich behandelt werden müsste und nicht zu den Akten gegeben werden dürfte: Einerseits hätte diese Liste wie erwähnt bereits im
Einspracheverfahren vorgelegt werden müssen und andererseits verstiesse es gegen die Parteirechte, wenn der Gegenseite die Einsicht in diese Liste verweigert würde.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist daher als unbegründet abzuweisen, soweit überhaupt auf sie einzutreten ist.
3.- Der Kanton Zürich beanstandet in seiner Beschwerdeantwort, dass das Verwaltungsgericht in Anwendung des eidgenössischen Enteignungsrechts über die Verfahrenskosten entschieden habe, obschon die beschwerdeführende Vereinigung nicht zu den Enteigneten zähle. Es trifft zu, dass die enteignungsrechtlichen Spezialvorschriften über die Kosten- und
Entschädigungsfolgen nur zum Zuge kommen können, wenn dem
Einsprecher oder Beschwerdeführer selbst eine Enteignung droht oder ihm gemäss Art. 55 Abs. 2 des Bundesgesetzes über den Umweltschutz oder Art. 12 des Bundesgesetzes über den
Natur- und Heimatschutz das Recht zusteht, Einsprachen im
Sinne von Art. 7 bis 10 des Bundesgesetzes über die Enteignung zu erheben. Können dagegen die Teilnehmer an enteignungsrechtlichen Einsprache- und Plangenehmigungs-Verfahren nur tatsächliche Interessen geltend machen und keinerlei enteignungsrechtliche Einwendungen erheben, so gelten die allgemeinen Kostenregeln (vgl. BGE 111 Ib 32, insbesondere
E. 2d). Demgemäss sind die Kosten des bundesgerichtlichen
Verfahrens im vorliegenden Fall in Anwendung von Art. 156
Abs. 1 OG der Beschwerdeführerin aufzuerlegen, wobei die
Gerichtsgebühr allerdings niedrig gehalten werden kann. Eine
Parteientschädigung ist dem Kanton Zürich gemäss Art. 159
Abs. 2 OG nicht zuzusprechen.
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.- Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen, soweit auf sie eingetreten werden kann.
2.- Die Gerichtsgebühr von Fr. 500.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.- Es wird keine Parteientschädigung zugesprochen.
4.- Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem
Kanton Zürich (Baudirektion) und dem Verwaltungsgericht des
Kantons Zürich schriftlich mitgeteilt.
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Lausanne, 4. April 2000
Im Namen der I. öffentlichrechtlichen Abteilung des SCHWEIZERISCHEN BUNDESGERICHTS
Der Präsident:
Die Gerichtsschreiberin: