Tribunal administratif de première instance en matière fiscale GE, JTAPI/1116/2025

république et canton de genève

POUVOIR JUDICIAIRE A/1663/2025 ICCIFD JTAPI/1116/2025

JUGEMENT DU TRIBUNAL ADMINISTRATIF DE PREMIÈRE INSTANCE du 27 octobre 2025

dans la cause

A______ SA, représentée par CONSULTANTS ASSOCIÉS SA, avec élection de domicile contre ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS

EN FAIT 1. Le présent litige concerne les impôts cantonaux et communaux (ICC) et l’impôt fédéral direct (IFD) des années fiscales 2017, 2018 et 2019 de la société A______ SA. 2. Inscrite au registre du commerce de Genève depuis le ______ 2008, la société contribuable est active dans le domaine du placement de personnel. Monsieur B______ en est l’administrateur unique (avec signature individuelle) et Mesdames C______ et D______ (venant de France) en sont les directrices (chacune avec signature individuelle). 3. Pour l’année fiscale 2012, la contribuable a été taxée d’office, sur un bénéfice imposable de CHF 1'000.- (après déduction des pertes reportées de CHF 29'656.-) et sur un capital propre de CHF 262'099.-. Non contestée, cette taxation est entrée en force. 4. Le 4 mars 2022, l’administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE) a ouvert à l’encontre de la contribuable une procédure de rappel des impôts des années 2012 et 2015 et une procédure de soustraction de ces impôts. Selon les informations dont elle disposait, le bénéfice imposable 2012 s’élevait à CHF 158'835.- (après déduction des pertes reportées de CHF 29'656.-). Par ailleurs, l'administration fédérale des contributions (division de la TVA ; ci-après : AFC-CH) lui avait communiqué un produit de CHF 30'896.-, résultant de la vente d’un véhicule, que la contribuable n’avait pas comptabilisé en 2015. Cette dernière était invitée à lui remettre ses états financiers 2012 et à déposer ses éventuelles observations. 5. La contribuable n’a pas donné suite à ces invites. 6. Le 22 juillet 2022, l'AFC-GE a étendu les procédures précitées aux années fiscales 2016 à 2019 et a ouvert une procédure de tentative de soustraction pour la période 2020. L'AFC-CH l’avait informée de l’octroi à Mmes C______ et D______ de prestations appréciables en argent, sous forme de salaires excessifs, soit CHF 60'000.- en 2016, CHF 150'000.- en 2017, CHF 240'000.- en 2018 et CHF 240'000.- en 2019. Un délai était imparti à la contribuable pour fournir divers documents et formuler d’éventuelles observations. 7. Au vu du dossier, la contribuable n’a pas répondu à cette requête. 8. Le 28 novembre 2022, l'AFC-GE a notifié à la contribuable les bordereaux de rappel d’impôt et d’amende pour l’année fiscale 2012. Compte tenu de la faute intentionnelle, la quotité des amendes (ICC et IFD) était fixée à une fois le montant des impôts soustraits. 9. Le 30 décembre 2022, la contribuable a formé réclamation contre les bordereaux d’amende 2012, concluant à leur annulation, au motif qu’elle n’avait pas eu connaissance des taxations d’office et que, par conséquent, elle n’avait commis aucune faute, d’autant qu’elle avait fait appel « à des professionnels de la branche pour s’occuper de toutes les problématiques fiscales ». Ainsi, à aucun moment, elle n’avait voulu « profiter de la taxation d’office en sa faveur ». 10. Le 28 août 2023, l'AFC-GE a notifié à la contribuable les bordereaux de rappel d’impôt et d’amende pour les années fiscales 2016 à 2019, précisant que les procédures relatives à la période 2015 s’étaient terminées sans suppléments d’impôt et sans amendes. Les rappels d’impôt étaient fondés sur les reprises annoncées le 22 juillet 2022. Les amendes, quant à elles, étaient fixées à 3/4 des impôts soustraits, compte tenu de la faute intentionnelle et de la bonne collaboration de la contribuable. 11. Le 2 octobre 2023, la contribuable, sous la plume de son mandataire (représenté par son administrateur, M. B______), a formé réclamation contre les bordereaux précités, concluant à leur annulation. Elle était une société « familiale », dirigée et détenue par Mmes C______ et D______. Elle employait près de 150 collaboratrices et collaborateurs (équivalent à plein temps), dont Mmes C______ et D______. Celles-ci étaient ses directrices « exclusives » et animatrices principales. Elles assumaient l’entier du « risque entrepreneurial ». Ses résultats découlaient des investissements importants de ses deux directrices. Elles avaient contribué essentiellement au développement positif de ses activités à Genève. Elle contestait la « qualification » de salaire excessif. Si l’on appliquait la méthode dite « valaisanne », le salaire admissible pour chaque directrice s’élèverait à CHF 397'000.-, soit un montant supérieur à celui qu’elle leur avait effectivement versé à ce titre. Aucune obligation fiscale n’ayant été violée, les amendes devaient également être annulées. Subsidiairement, leur quotité devait réduite au minimum légal dès lors qu’elle n’avait pas eu la volonté de se soustraire à l’impôt. Sa faute devait être qualifiée de faible étant donné que son activité et ses résultats dépendaient des prestations de ses deux directrices. L’on n’était ainsi pas en présence d’avantages indus et versés uniquement en raison du statut d’actionnaire. 12. Par décision du 25 avril 2025, l'AFC-GE a : - confirmé les bordereaux d’amende 2012, - annulé les bordereaux de rappel d’impôt et d’amende 2016, - rectifié les bordereaux de rappel d’impôt 2017 à 2019 en faveur de la contribuable, - réduit la quotité des amendes 2017 à 2019 à la moitié des impôts soustraits. Selon le calculateur national de salaires en ligne du Secrétariat d'Etat à l'économie (ci-après : le calculateur SECO), le salaire de base maximum s’élevait à CHF 13'780.-, ce qu’elle admettait pour l'année 2016. Ainsi, la reprise relative à cette année était annulée. S’agissant des années 2017 à 2019 en revanche, en prenant en compte les particularités de l'activité des directrices, à savoir le placement de personnel hautement qualifié dans le domaine de l'hôtellerie et du luxe, les salaires mensuels suivants (fixés par le SECO) devaient être retenus : Année C______ D______

2017 14'060.- 14'510.-

2018 14'190.- 14'630.-

2019 15'680.- 15'790.-

Ensuite, elle avait augmenté ces salaires d’une participation au chiffre d'affaires de la contribuable (2 % jusqu'à CHF 1'000'000.-, 1,8 % entre CHF 1'000'000.- et CHF 5'000'000.- et 1,6 % au-delà de 5'000'000.-, dite participation étant doublée pour les sociétés de services afin de tenir compte de la marge brute élevée de ce type de sociétés) et d'une part du bénéfice (1/3 pour les sociétés employant moins de 20 collaborateurs et 1/4 pour les sociétés plus grandes). Ainsi, compte tenu de ces éléments, les parts excessives des salaires versés étaient finalement fixées à : Année C______ D______

2017 18'213.- 12'849.-

2018 59'542.- 54'250.-

2019 60'761.- 59'429.-

Enfin, concernant les amendes de l’année 2012, elle avait retenu l'intention et n'avait tenu compte d’aucune circonstance atténuante ou aggravante. En effet, la contribuable avait délégué à sa fiduciaire la tenue de sa comptabilité et de ses obligations fiscales. Elle n’expliquait cependant pas ce qui l’avait empêchée, sans sa faute, de vérifier les activités de sa fiduciaire. La contribuable avait été taxée d'office sur plusieurs périodes fiscales. Les montants retenus dans le cadre de ces taxations étaient manifestement insuffisants au regard de l'activité déployée et de sa capacité contributive. Ses organes pouvaient reconnaître cet état de fait ou du moins l'envisager. En cas de doute sur la capacité de son mandataire à exécuter son mandat, elle aurait pu entreprendre les démarches nécessaires pour changer de représentant et corriger sa situation fiscale. Pour ces raisons, elle maintenait les amendes 2012. S’agissant des amendes des années 2017 à 2019, initialement, elle avait retenu une faute intentionnelle et la bonne collaboration, comme circonstance atténuante. Toutefois, après nouvelle analyse du dossier, elle retenait la négligence, au lieu de l’intention. En effet, au vu du nouveau calcul effectué pour déterminer les salaires que pouvaient escompter des cadres supérieures dans le même domaine d'activité, il s'avérait que les montants des salaires considérés comme excessifs étaient moins importants que ceux repris initialement. Ainsi, la quotité de ces amendes était réduite à la moitié des impôts éludés. 13. Par acte du 12 mai 2025, la contribuable (ci-après : la recourante), sous la plume de son mandataire, a recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : le tribunal), concluant à son annulation, en tant qu’elle portait sur les bordereaux de rappel d’impôt et d’amende des années 2017, 2018 et 2019. Préalablement, elle a requis un délai pour compléter la motivation de son recours. Elle exploitait à Genève une agence de placement de personnel temporaire hautement qualifié, principalement dans les domaines de l'hôtellerie de luxe, de la restauration et médical. Mmes C______ et D______ étaient ses directrices depuis 2008. Elles étaient également ses deux ayants droits économiques, à parts égales. Elle ne contestait pas l'application de la méthode valaisanne en l'espèce ; bien au contraire, elle s’en était elle-même prévalue précédemment afin de démontrer que les rémunérations litigieuses n'étaient pas excessives. Toutefois, l'AFC-GE en faisait une interprétation restrictive, en retenant dans son calcul le salaire médian comme salaire de base admissible, sans tenir compte « des autres prérogatives et obligations » des directrices. Il se justifiait plus de prendre en compte le salaire compris dans la fourchette supérieure du calculateur du SECO, sachant que 25 % « des salariés » le gagnaient et que ce calculateur ne tenait pas compte « des engagements financiers personnels et des autres obligations légales dont [étaient] responsables [s]es directrices », tels que leurs engagements financiers en matière d'AVS, d'impôt à la source et de charges sociales, sur une masse salariale de plusieurs millions par année. Il fallait tenir compte de leurs « garanties personnelles » sur les montants mis en sûreté auprès du Crédit Suisse, en lien avec les obligations de garantie propres aux sociétés de location de personnel, ou encore de leurs « engagements personnels liés au contrat de bail à loyer pour une agence située au cœur de Genève ». Retenir le salaire médian était insuffisant, compte tenu de l'expérience, de la responsabilité et des prérogatives des directrices. Par ailleurs, la participation au chiffre d'affaires et au bénéfice devaient s'appliquer individuellement pour chaque directrice. L’approche de l'AFC-GE, selon laquelle le résultat du calcul devait être réparti entre les deux directrices était incorrecte, car le but de la méthode valaisanne était de pouvoir déterminer un salaire admissible au cas par cas. On ne pouvait dès lors pas calculer le montant de la participation au chiffre d'affaires et au bénéfice une seule fois et la répartir sur l'intégralité des salariés-actionnaires d'une entreprise. Compte tenu des éléments précités, aucune reprise ne devait être effectuée pour les ICC et IFD des années 2017 à 2019. 14. Par courrier recommandé du 19 mai 2025, le tribunal a accordé à la recourante un délai de quinze jours ouvrables, dès réception de cette lettre, pour compléter son recours. Elle n’y a pas donné suite. 15. Dans sa réponse du 18 juillet 2025, accompagnée de son dossier, l'AFC-GE a conclu au rejet du recours. Si 25 % des salariés de la recourante gagnaient plus que le salaire médian SECO, cela signifiait que 75 % d'entre eux percevaient soit ce salaire médian, soit moins que celui-ci. Si 75 % de ses employés avaient un salaire égal au salaire médian, celui-ci représentait bien la moyenne à prendre en compte. Si 75 % des employés percevaient un salaire inférieur au salaire médian, le salaire médian qu’elle avait appliqué en l’espèce était alors plus favorable à la recourante. Ainsi, en toute l'hypothèse, la prise en compte du salaire médian SECO était justifiée en l'espèce, même si 25% des salariés de la recourante bénéficiaient d'un salaire plus élevé que ce salaire. En ce qui concernait la responsabilité des deux directrices-actionnaires en matière d'AVS, d'impôt à la source et, plus généralement, de paiement des charges sociales, les obligations d'un administrateur ou directeur de société consistaient notamment à veiller à ce que celle-ci verse les charges sociales relatives à ses employés, de même que l'impôt à la source ; il' s'agissait d'obligations légales typiquement incluses dans un mandat d'administrateur ou de directeur de société. Les paramètres du calculateur SECO qu’elle avait appliqués en l’espèce, en particulier la position « Cadre supérieur » et le groupe « Directeurs et cadres de direction », tenaient déjà compte des obligations et responsabilités typiques d'un administrateur ou directeur de société. La recourante n'avait pas démontré l’existence de responsabilités ou obligations extraordinaires dépassant le cadre d'un contrat de travail ordinaire pour un poste de directrice de société. Il n'y avait donc pas lieu de s’écarter du résultat obtenu par le calculateur SECO. La fourniture d'une caution ou d'une garantie n’était pas une prestation exigée par le contrat de travail, voire de mandat, conclu par les deux directrices-actionnaires avec la recourante, mais une prestation découlant de contrats conclus par ces dernières avec la bailleresse de la recourante, respectivement avec la banque ayant accordé un crédit à cette dernière. La rémunération à laquelle les directrices-actionnaires pouvaient, le cas échéant, prétendre envers la recourante, en contrepartie de la fourniture d’un cautionnement ou d'une garantie leur appartenant, ne résultait pas de leurs contrats de travail, mais des contrats d’une autre nature que les parties auraient conclus. La jurisprudence avait confirmé que la méthode valaisanne impliquait la division de la participation au chiffre d’affaires et au bénéfice par le nombre d’administrateurs-actionnaires concernés. En l’occurrence, elle avait correctement appliqué cette méthode et ses calculs était justes. Enfin, le montant des amendes ICC et IFD 2017 à 2019 avait été rectifié à la baisse, pour tenir compte des rappels d'impôt fixés au stade la réclamation, et leur quotité avait été ramenée à la moitié de ces impôts, si bien qu’il n’y avait pas lieu de les annuler. 16. La recourante n’a pas donné suite au courrier du tribunal du 21 juillet 2025, qui l’invitait à déposer son éventuelle réplique. EN DROIT 1. Le tribunal connaît des recours dirigés, comme en l’espèce, contre les décisions sur réclamation de l'AFC-GE (art. 115 al. 2 et 116 al. 1 de la loi sur l’organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05 ; art. 49 de la loi de procédure fiscale du 4 octobre 2001 - LPFisc - D 3 17 ; art. 140 de la loi fédérale sur l’impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 - LIFD - RS 642.11). 2. Interjeté en temps utile et dans les formes prescrites devant la juridiction compétente, le recours est recevable au sens des art. 49 LPFisc et 140 LIFD. 3. Le litige porte sur la conformité au droit des reprises que l'AFC-GE a effectuées au titre de salaire excessif. 4. Selon l'art. 58 al. 1 let. b LIFD, sont considérés comme bénéfice imposable tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat, qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que, notamment, les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial. Bien que rédigé différemment, l'art. 12 let. h de la loi genevoise sur l'imposition des personnes morales (LIPM - D 3 15) est d'une teneur équivalente, puisqu'il prévoit que les tantièmes, ainsi que les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial sont considérés comme bénéfice imposable. 5. Les dispositions précitées visent notamment les distributions dissimulées de bénéfice, soit des prélèvements qui ne sont pas conformes au droit commercial et qui doivent donc être réintégrés au bénéfice imposable (ATA/778/2016 du 13 septembre 2016 ; ATA/94/2016 du 2 février 2016). Selon la jurisprudence, il y a distribution dissimulée de bénéfice lorsque les quatre conditions cumulatives suivantes sont remplies : 1) la société fait une prestation sans obtenir de contre-prestation correspondante ; 2) cette prestation est accordée à un actionnaire ou à une personne le ou la touchant de près ; 3) elle n'aurait pas été accordée dans de telles conditions à un tiers ; 4) la disproportion entre la prestation et la contre-prestation est manifeste, de telle sorte que les organes de la société auraient pu se rendre compte de l'avantage qu'ils accordaient (ATF 140 II 88 consid. 4.1 ; 138 II 57 consid. 2.2). Les prestations appréciables en argent peuvent apparaître de diverses façons. Ainsi, le versement d'un salaire disproportionné accordé à un actionnaire-directeur constitue une situation classique de distribution dissimulée de bénéfice (ATA/778/2016 du 13 septembre 2016 ; ATA/94/2016 du 2 février 2016). Bien qu'il n'appartienne pas à l'administration de substituer sa propre appréciation en matière de salaire à celle de la société, la liberté de l'employeur n'est pas sans limite sous l'angle fiscal. En effet, la rémunération doit correspondre à celle qui aurait été octroyée à une tierce personne dans des circonstances identiques. Il s'agit, de la sorte, de s'assurer que le montant de la rémunération soit justifié par des fins commerciales et non par le fait qu'il existe une étroite relation économique ou personnelle (actionnaire ou proche) entre le bénéficiaire de la prestation et la société (ATA/94/2016 du 2 février 2016 ; Emily MELLER/Jessica SALOM, Le salaire excessif en droit fiscal suisse, in RDAF 2011 II 105, p. 112). L'élément déterminant est donc la rémunération conforme au marché. Pour déterminer si la rémunération est excessive et constitue une distribution dissimulée de bénéfice, il convient de prendre en compte l'ensemble des circonstances du cas d'espèce (arrêt du Tribunal fédéral 2C_421/2009 du 11 janvier 2010 consid. 3.1 et 3.3 ; Emily MELLER/Jessica SALOM, op. cit., p. 111). En l'absence de points de comparaison suffisants avec le marché, la méthode la plus communément appliquée pour déterminer le salaire admissible d'employés actionnaires est la « méthode valaisanne », qui a reçu l'aval de l'administration fédérale des contributions et a été confirmée par la jurisprudence fédérale et cantonale (arrêt du Tribunal fédéral 2C_660/2014 du 6 juillet 2015 consid. 6.2 et les références citées ; ATA/778/2016 du 13 septembre 2016). Elle consiste à déterminer un salaire de base moyen, puis à l'augmenter d'une participation au chiffre d'affaires de la société (1 % jusqu'à 1 million, 0.9 % jusqu'à 5 millions et 0.8 % au-delà, la participation étant doublée pour les sociétés de services, afin de tenir compte de la marge brute élevée de ce type de sociétés), ainsi qu'une part au bénéfice (1/3 pour les sociétés employant moins de vingt collaborateurs et 1/4 pour les entreprises plus grandes) (ATA/778/2016 du 13 septembre 2016 consid. 10c et les arrêts cités ; Emily MELLER/Jessica SALOM, op. cit., p. 118). Enfin, le salaire de base annuel, la participation au chiffre d'affaires et la part au bénéfice sont additionnés et constituent le salaire conforme aux usages commerciaux, c'est-à-dire fiscalement admissible. La différence avec le salaire effectivement versé par la société constitue la part excessive qu'il convient de reprendre au titre de distribution dissimulée de bénéfice. La participation au chiffre d'affaires et la part au bénéfice sont divisées par le nombre d'administrateurs-actionnaires concernés par le salaire excessif (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_188/2008 du 19 août 2008). Dans cet arrêt, le Tribunal fédéral a par ailleurs retenu que si le cahier des charges relatif au poste en cause ainsi que la fonction des personnes concernées était pris en considération, et que le salaire de base sélectionné correspondait aux responsabilités des personnes concernées, ce schématisme était acceptable et n'aboutissait pas à un résultat arbitraire. Le calcul du salaire fiscalement déductible effectué par l'administration a donc été confirmé. Rendu dans le cadre de l'examen de l'interdiction de l'arbitraire, cet arrêt ne fait qu'admettre un certain schématisme, et n'exclut certainement pas la possibilité de définir le salaire de base le plus proche du marché en se servant du calculateur OGMT. 6. Depuis mars 2019, le calculateur national des salaires, publié en ligne à l'adresse : « admin.ch ↗ » par le SECO, remplace le calculateur de l'OGMT (JTAPI/878/2019 du 7 octobre 2019 ; JTAPI/547/2019 du 17 juin 2019). Ce nouvel outil permet en effet d'obtenir à la fois des résultats spécifiques au marché du travail genevois ainsi que pour l'ensemble de la Suisse. Comme son prédécesseur genevois, le calculateur national des salaires repose sur un modèle statistique établi à l'aide des données de l'enquête suisse sur la structure des salaires, menée tous les deux ans par l'office fédéral de la statistique auprès d'un échantillon d'entreprises (JTAPI/532/2020 du 22 juin 2020). Pour chaque domaine d'activité, le calculateur du SECO donne trois salaires mensuels bruts : le salaire « inférieur », perçu par 25 % des salariés, le salaire « médian », touché par 50 % des salariés et le salaire « supérieur », versé à 25 % des salariés. 7. En l'occurrence, la société ne conteste pas l'applicabilité en tant que telle de la méthode valaisanne, ni celle du calculateur du SECO, mais demande, aux fins de déterminer l'existence d'un éventuel salaire excessif, la prise en compte du salaire mensuel « supérieur ». 8. La jurisprudence de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : la chambre administrative) est nuancée sur le sujet du salaire à retenir sur l'échelle du calculateur de l'OGMT (remplacé par celui du SECO). Dans un arrêt du 1 er novembre 2011 (ATA/674/2011), elle a appliqué le salaire « supérieur ». La situation était exceptionnelle. Les administrateurs de l'entreprise d'architecture en cause avaient un rayonnement international avec la conclusion de contrats de grande ampleur et au rayonnement international. L'ensemble d'éléments hors du commun justifiait la prise en compte d'un salaire élevé et non du salaire « médian ». Dans un arrêt subséquent (ATA/25/2013 du 15 janvier 2013), une société active dans la serrurerie s'est vue appliquer le salaire de base « supérieur », compte tenu des responsabilités exceptionnelles de l'administrateur. Le salaire repris, même avec la marque supérieure, restait très élevé. Le Tribunal fédéral a confirmé cet arrêt, estimant que les critères de fixation du salaire de base relevaient d'une question de faits (arrêt 2C_2010/2013 du 16 février 2014). À l'inverse, dans trois cas de sociétés de gestion de fortune, le salaire « médian » a été utilisé pour appliquer la méthode valaisanne (ATA/184/2015 du 17 février 2015 ; ATA/548/2013 du 27 août 2013 ; ATA/125/2013 du 26 février 2013). Dans un autre cas de gestion de fortune, il a été reconnu à des actionnaires/employés des responsabilités particulièrement importantes qui justifiaient l'emploi du salaire « supérieur » de l'échelle du calculateur (ATA/736/2013 du 5 novembre 2013). Enfin, la chambre administrative s'est basée sur une expérience de neuf à dix-huit ans dans la gestion de fortune pour retenir le salaire « supérieur » pour un gestionnaire de fortune (cf. ATA/138/2014 du 11 mars 2014). Un autre ensemble de trois actionnaires/salariés se sont en revanche vus confirmer l'application du salaire « médian » ; leur situation n'avait rien d'exceptionnel (ATA/85/2014 du 12 février 2014). Il ressort de cette casuistique que la jurisprudence prévoit l'application du salaire « supérieur » uniquement à des cas manifestement exceptionnels. Cette solution, même schématique, permet de respecter l'égalité de traitement et est admissible en matière fiscale (arrêt du Tribunal fédéral 2C_209/2013 du 16 janvier 2014 consid. 3.1). Dans l'analyse des éléments particuliers, une approche globale reprenant l'ensemble des circonstances doit être utilisée. Les seules responsabilités importantes ne suffisent pas à justifier la prise en compte du salaire du troisième quartile. Cet aspect est d'ailleurs en partie contenu dans les critères du calculateur (position hiérarchique et qualification), tout comme l'expérience à travers l'ancienneté et l'âge, même si c'est de manière très imparfaite (ATA/300/2014 du 29 avril 2014 ; ATA/736/2013 du 5 novembre 2013). 9. En matière fiscale, le contribuable doit supporter le fardeau de la preuve des éléments qui réduisent ou éteignent son obligation d'impôts et les conséquences de l'échec de cette preuve, cette règle s'appliquant également à la procédure devant les autorités de recours (ATF 146 II 6 consid. 4.2 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_32/2020 du 8 juin 2020 consid. 3.5 ; ATA/1239/2021 du 16 novembre 2021 consid. 5a). Il est fréquent que les actionnaires-directeurs perçoivent des rémunérations variables. En pratique, il en existe une grande variété. Partant, il ne peut être exigé des autorités fiscales, en vue de déterminer si le salaire versé à l'actionnaire-directeur est ou non excessif compte tenu du résultat de la société qui l'emploie, qu'elles examinent pour chaque situation la façon dont la rémunération variable est calculée. Ainsi, on peut admettre que ces autorités peuvent prendre comme critère déterminant, après une appréciation des différents moyens de preuve à disposition, le montant de la rémunération perçue pendant la période fiscale en cause, tel qu'il résulte du certificat de salaire de l'actionnaire-directeur. Si, sur cette base, les méthodes de calcul reconnues (telle la méthode valaisanne appliquée en l'occurrence) font apparaître que le salaire versé résultant du certificat de salaire relatif à la période fiscale en cause est excessif par rapport aux résultats de la société, les autorités fiscales sont en droit considérer qu'il y a eu distribution dissimulée de bénéfice. La société qui conteste ce mode de calcul, en particulier la prise en compte de la part variable de la rémunération qui est incluse dans le certificat de salaire, doit alors démontrer de manière précise pour quels motifs cette part variable n'est pas déterminante dans le calcul du salaire excessif pour la période fiscale considérée. À défaut, elle doit supporter les conséquences de l'absence de preuve et se voir imputer, dans son bénéfice imposable, la part correspondant au salaire excessif versé à son actionnaire-directeur (arrêt du Tribunal fédéral 2C_660/2014, 2C_661/2014 du 6 juillet 2015 consid. 6.2 et les références citées). 10. En l’espèce, la recourante n’a fourni aucun élément de preuve concret permettant de retenir que ses deux directrices-actionnaires se trouveraient dans une situation à ce point exceptionnelle qu'il se justifierait de leur appliquer le salaire « supérieur » au lieu du salaire « médian ». Comme l’a à juste titre relevé l'AFC-GE, les importantes responsabilités qu’assumeraient les deux directrices - et en particulier celles en matière d'AVS, d'impôt à la source et de paiement de charges sociales - sont déjà comprises dans les critères du calculateur SECO (position hiérarchique et qualification), tout comme leur expérience (l'ancienneté et l'âge), si bien qu’elles ne suffisent pas, à elles seules, à justifier la prise en compte du salaire « supérieur ». Ces tâches relèvent en effet précisément de leur rôle de directrices, de sorte que l’on ne voit pas en quoi elles seraient exceptionnelles. En outre, son allégation que 25 % de ses collaborateurs percevraient le salaire « supérieur » n’est étayée par aucun document. En tout état, une telle situation justifierait précisément l’application du salaire « médian » en l’occurrence, puisque 75 % des employés le percevraient, voire percevraient un salaire plus bas. Pour le surplus, le tribunal fait sien le raisonnement que l’autorité intimée a tenu dans sa réponse au recours au sujet de prétendues garanties et/ou cautions que les directrices auraient assumées en lieu et place de la recourante. En effet, il ne s’agit ici manifestement pas de prestations qu’elles devaient fournir en vertu de leurs contrats de travail respectifs. Si elles les ont fournies à titre « personnel », comme la recourante l’indique elle-même, cela relèverait alors d’une créance (privée) qu’elles auraient envers elle, et aucunement de leur rémunération de directrices. Il est dès lors exclu de les prendre en compte dans la détermination du salaire fiscalement admissible. C’est le lieu de relever aussi que, du point de vue économique, la société recourante est certes libre de verser à ses directrices toute rémunération qu’elle considère comme méritée. Du point de vue fiscal toutefois, celle-ci ne peut être admise que dans la mesure où elle est justifiée commercialement. Le cadre de cette justification, tel que défini par la méthode valaisanne, a été à maintes reprises confirmé par la jurisprudence et rien ne permet de s’en écarter en l’occurrence. Enfin, c’est en vain que la recourante soutient que la participation au chiffre d'affaires et la part au bénéfice ne devraient pas être réparties entre les deux directrices, la jurisprudence ayant confirmé le contraire (cf. notamment arrêt du Tribunal fédéral 2C_188/2008 précité). Les suppléments pour participation au chiffre d'affaires et pour la part de bénéfice sont, en effet, uniquement calculés de manière globale respectivement selon un pourcentage du chiffre d'affaires et en fonction du bénéfice disponible, en tenant compte du nombre d'employés de l'entreprise (cf. JTAPI/1162/2014 du 17 octobre 2014). Ils permettent en effet de prendre en compte, dans le calcul de la rémunération, l'implication du salarié actionnaire dans la bonne marche de l'entreprise et, pour une part au moins, sa dimension d'apporteur d'affaires. Il n'y a donc pas de raison de s'écarter de la méthode valaisanne en l'espèce. Mal fondé, ce grief est écarté. 11. La recourante ne soulève aucun grief concret contre le principe et la quotité des amendes. Elle semble en effet conclure à leur annulation uniquement dans la mesure où les reprises examinées plus haut seraient injustifiées. Or, comme on l’a vu, tel n’est pas le cas. 12. Cela étant, il convient néanmoins, à toutes fins utiles, d’examiner brièvement le bien-fondé des amendes. 13. Aux termes des art. 69 al. 1 LPFisc et 175 al. 1 LIFD, est notamment puni d'une amende le contribuable qui, intentionnellement ou par négligence, fait en sorte qu'une taxation ne soit pas effectuée, alors qu'elle devrait l'être, ou qu'une taxation entrée en force soit incomplète. Pour que cette infraction soit retenue, trois éléments doivent être réunis : la soustraction d’un montant d’impôt qui implique une perte financière pour la collectivité, la violation d’une obligation légale incombant au contribuable et la faute de ce dernier, le comportement illicite et le résultat dommageable devant bien entendu être liés (arrêt du Tribunal fédéral 2C_41/2020 du 24 juin 2020 consid. 9.1). Les deux premières conditions sont des éléments constitutifs objectifs de la soustraction fiscale, tandis que la faute en est un élément constitutif subjectif (ATA/512/2021 du 11 mai 2021 consid. 4b). 14. En l’espèce, les conditions objectives, soit la violation d’une obligation légale et la perte fiscale qui en découle pour la collectivité, sont manifestement données, la recourante n’ayant pas déclaré les prestations imposables en cause, ce qui a engendré la perte fiscale correspondant aux rappels d’impôt. 15. Sur le plan subjectif, il faut rappeler que la soustraction consommée - comme celle en l’occurrence - est punissable, qu’elle soit commise intentionnellement ou par négligence (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_553/2018 du 17 juin 2019 consid. 4.2 et les références citées). Le contribuable agit avec négligence lorsque, par une imprévoyance coupable, il ne se rend pas compte ou ne tient pas compte des conséquences de son acte. L’imprévoyance est coupable quand le contribuable n’a pas usé des précautions commandées par les circonstances et par sa situation personnelle (arrêt du Tribunal fédéral 2C_78/2019 du 20 septembre 2019 consid. 6.2 ; ATA/222/2019 du 5 mars 2019 consid. 9a). 16. En l’espèce, comme l’a fait l'AFC-GE, c’est à tout le moins la négligence de la recourante qu’il faut retenir, celle-ci n’ayant effectué aucune démarche pour se renseigner auprès d’elle sur le traitement fiscal des rémunérations litigieuses. L’administrateur de la recourante, qui semble maitriser parfaitement l’application de la méthode valaisanne, devait et pouvait se rendre compte que les salaires versés dépassaient ceux fixés en application de cette méthode. S’il avait estimé, comme il le fait dans le cadre de la présente procédure, qu’un salaire « supérieur » se justifiait en l’occurrence, il lui incombait alors néanmoins de s’assurer auprès de l'AFC-GE que tel était effectivement le cas. Or, il ne l’a pas fait. Dès lors, il faut admettre que la condition subjective de la soustraction fiscale, soit la faute, est également réalisée. Les amendes sont ainsi fondées dans leur principe. 17. En cas de soustraction consommée (art. 175 LIFD et 69 LPFisc), l’amende est fixée, en règle générale, au montant de l’impôt soustrait. Si la faute est légère, l’amende peut être réduite jusqu’au tiers de ce montant ; si la faute est grave, elle peut au plus être triplée (art. 175 al. 2 LIFD et 69 al. 2 LPFisc). La quotité de l’amende n’est pas fixée en fonction de l’intention de soustraire ou de la négligence qui peut être reprochée au contribuable mais de l’intensité de sa faute, qui doit être fixée en fonction de sa culpabilité. En revanche, le fait que l’auteur ait agi intentionnellement ou par négligence peut avoir une incidence sur l’intensité de la faute et, partant, sur la quotité de l’amende (ATA/513/2016 du 14 juin 2016 consid. 10). Il convient notamment de réduire le montant de l'amende lorsque le contribuable a agi par négligence, celle-ci devant être considérée comme un cas de faute légère (Diane MONTI, Les contraventions fiscales en droit fiscal harmonisé, 2002, p. 70). La bonne collaboration du contribuable dans la procédure en soustraction d'impôt constitue l'un des éléments permettant de réduire la peine (cf. arrêt du Tribunal fédéral 2C_1007/2012 du 15 mars 2013). Dans la mesure où elles respectent le cadre légal, les autorités fiscales cantonales, qui doivent faire preuve de sévérité afin d'assurer le respect de la loi, disposent d'un large pouvoir d'appréciation lors de la fixation de l'amende, l'autorité de recours ne censurant que l'abus du pouvoir d'appréciation (cf. ATF 144 IV 136 consid. 9.1 ; ATA/1002/2020 du 6 octobre 2020 consid. 9b et les références citées). 18. En l’espèce, au stade de la réclamation, l'AFC-GE a finalement accepté de réduire la quotité des amendes à la moitié des impôts soustraits. Cette quotité ne saurait être qualifiée d’abusive, étant donné qu’elle a tenu compte, en faveur de la recourante, de sa bonne collaboration et d’une faute légère. Pour sa part, cette dernière ne se prévaut d’aucune autre circonstance atténuante supplémentaire qui justifierait que sa peine soit encore diminuée. Partant, les amendes doivent être confirmées également dans leur quotité. 19. Au vu de ce qui précède, le recours, entièrement mal fondé, sera rejeté. 20. En application des art. 144 al. 1 LIFD, 52 al. 1 LPFisc, 87 al. 1 de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 (LPA - E 5 10) et 1 et 2 du règlement sur les frais, émoluments et indemnités en procédure administrative du 30 juillet 1986 (RFPA - E 5 10.03), la recourante, qui succombe, est condamnée au paiement d’un émolument s'élevant à CHF 700.- ; il est couvert par l’avance de frais versée à la suite du dépôt du recours.

PAR CES MOTIFS LE TRIBUNAL ADMINISTRATIF DE PREMIÈRE INSTANCE 1. déclare recevable le recours interjeté le 12 mai 2025 par A______ SA contre la décision sur réclamation de l'administration fiscale cantonale du 8 avril 2025 ; 2. le rejette ; 3. met à la charge d’A______ SA un émolument de CHF 700.-, lequel est couvert par l'avance de frais ; 4. dit que, conformément aux art. 132 LOJ, 62 al. 1 let. a et 65 LPA, le présent jugement est susceptible de faire l'objet d'un recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (10 rue de Saint-Léger, case postale 1956, 1211 Genève 1) dans les 30 jours à compter de sa notification. L'acte de recours doit être dûment motivé et contenir, sous peine d'irrecevabilité, la désignation du jugement attaqué et les conclusions du recourant. Il doit être accompagné du présent jugement et des autres pièces dont dispose le recourant. Siégeant: Sophie CORNIOLEY BERGER, présidente, Federico ABRAR et Stéphane TANNER, juges assesseurs.

Au nom du Tribunal : La présidente Sophie CORNIOLEY BERGER

Copie conforme de ce jugement est communiquée aux parties. Genève, le

La greffière