C 237/98
Das Eidg. Versicherungsgericht zieht in Erwägung:
1.- Die Vorinstanz hat die gesetzlichen Grundlagen für den Bezug von Kurzarbeitsentschädigung (Art. 31 Abs. 1 lit. b und d AVIG), insbesondere die Voraussetzungen der
Anrechenbarkeit des Arbeitsausfalles gemäss Art. 32 Abs. 1 lit. a AVIG (wirtschaftliche Gründe; Unvermeidbarkeit)
sowie Art. 33 Abs. 1 lit. a und b AVIG (normales Betriebsrisiko; Branchen-, Berufs- oder Betriebsüblichkeit) unter
Einschluss der dazu ergangenen Rechtsprechung zutreffend dargelegt (BGE 119 V 500 Erw. 1 mit Hinweisen; BGE 111 V 379 ff.; ARV 1992 S. 87 Erw. 2a, 1989 S. 124 Erw. 3a, 1987
S. 82 Erw. 1 mit Hinweisen). Darauf wird verwiesen.
2.- Am 17. September 1997 meldete die R.________ AG dem KIGA die ab 1. Oktober 1997 vorgesehene Einführung von
Kurzarbeit an. Zur Begründung wurde darauf hingewiesen, dass die Erträge weit unter den Erwartungen und den Vorjahreswerten lägen. Der Ertragseinbruch finde sowohl im Personen- als auch noch wesentlich ausgeprägter im Güterverkehr statt. Dies sei umso gravierender als rund zwei Drittel der
Erträge der Unternehmung aus dem Güterverkehr stammten. In
Zukunft sei mit noch weiteren Ertragsrückgängen zu rechnen.
Um den drohenden Verlust abzuwenden, sei u.a. die baldestmögliche Einführung von Kurzarbeit (voraussichtlicher Arbeitsausfall bei der Betriebsabteilung Zugbegleitung: 30 %)
vorgesehen. Mit dem Wegfall der Defizitgarantie seien die konzessionierten Transportunternehmungen den gleichen Risiken ausgesetzt wie andere Branchen auch. Das seco, dem das
Gesuch zu Stellungnahme unterbreitet wurde, erachtete die
Anspruchsvoraussetzungen als nicht erfüllt. Der Arbeitsausfall gehöre zum normalen Betriebsrisiko einer Transportunternehmung und sei branchenüblich. Angesichts der Entwicklung im Güterverkehr sei er auch nicht nur vorübergehender
Natur. Am 2. Dezember 1997 teilte das KIGA der
R.________ AG dann aber mit, dass gegen die Auszahlung von
Kurzarbeitsentschädigung kein Einspruch erhoben werde. Seit
September 1997 sei ein starker Einbruch im Güterverkehr festzustellen, der sich vor allem arbeitsmässig auswirke.
Das verringerte Gütervolumen sei auf wirtschaftliche Gründe zurückzuführen. Es seien zudem geeignete Massnahmen eingeleitet worden, um den Arbeitsausfall zu kompensieren.
3.- Streitig und zu prüfen ist, ob die Anrechenbarkeit des Ausfalls ausser Betracht fällt, weil er ein übliches
Betriebsrisiko darstelle und nicht nur vorübergehender Natur sei.
a) aa) Bezüglich des Betriebsrisikos erwog das kantonale Gericht, dass der in der zweiten Hälfte des Jahres
1997 eingetretene Auftragsrückgang aussergewöhnlichen Charakter aufweise. Er sei nicht im voraus kalkulierbar gewesen, da er sich aufgrund der Vorjahresentwicklungen keineswegs abgezeichnet habe. Wie sich auch aus den Veröffentlichungen des Eidgenössischen Verkehrs- und Energiedepartements ergeben habe, habe die R.________ AG vielmehr mit einem bescheidenen Wachstum rechnen dürfen.
bb) Das seco weist darauf hin, dass die R.________ AG eine Gesellschaft mit einem Leistungsauftrag sei. Für die zu erbringende Leistung werde ein fester Abgeltungsbetrag vereinbart, der nachträglich nicht erhöht werden könne. Ein allfälliger, infolge von Subventionskürzungen eingetretener
Arbeitsausfall (Verdienstausfall), sei nicht anrechenbar, weil er zum normalen Betriebsrisiko einer Transportgesellschaft gehöre (BGE 121 V 376 Erw. 3a).
Dieser Einwand ist im vorliegenden Fall unbehelflich.
Denn er übersieht, dass Abgeltungen für den Schienengüterverkehr grundsätzlich nur entrichtet werden können, wenn eine Strassenerschliessung fehlt oder wenn es für die Anliegen des Umweltschutzes, der Raumordnung oder der Regionalpolitik von Bedeutung ist (Art. 3 lit. b der Abgeltungsverordnung [ADFV]; SR 742.101.1). Die R.________ AG weist deshalb zu Recht darauf hin, dass sie Abgeltungen nur für den Personenverkehr, nicht aber für den Güterverkehr erhalten habe, da sie die hiefür erforderlichen Kriterien nicht erfülle.
b) aa) In der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird sodann geltend gemacht, der eingetretene Ertragseinbruch beruhe nicht auf wirtschaftlichen, sondern auf strukturellen
Gründen. Er sei eine Folge der Konkurrenzsituation, die auf einer grundsätzlichen und dauerhaften Änderung der Nachfrage beruhe. Deshalb sei er auch nicht von nur vorübergehender Natur.
bb) Die Rechtsprechung hat den Begriff der wirtschaftlichen Gründe stets weit ausgelegt. Im Hinblick auf die mit der Kurzarbeitsentschädigung - neben der Ausrichtung von
Erwerbsersatz - vor allem angestrebte Verhütung von Arbeitslosigkeit durch den Erhalt von Arbeitsplätzen (Art. 31
Abs. 1 lit. d AVIG) ist es vom Gesetzgeber bewusst unterlassen worden, die wirtschaftlichen von den strukturellen
Gründen abzugrenzen. Eine derartige Differenzierung liesse sich durch die Verwaltung und das Sozialversicherungsgericht auch kaum vornehmen und erwiese sich in sozialer Hinsicht als fragwürdig (vgl. zum Ganzen: ARV 1997 Nr. 39
S. 216 Erw. 3a mit Hinweisen).
Die hier in Frage stehenden massiven Ertragsausfälle der R.________ AG lassen sich nicht mit dem Argument des
Verdrängungskampfs zu Gunsten des Strassentransportes erklären. Wie die Vorinstanz zutreffend dargelegt hat, hängen diese vielmehr mit der schwierigen wirtschaftlichen Situation von Grosskunden der R.________ AG zusammen. Bei diesen
Umständen sind die Arbeitsausfälle voraussichtlich vorübergehend, nicht aber branchenüblich und können nicht dem normalen Betriebsrisiko zugerechnet werden.
Demnach erkennt das Eidg. Versicherungsgericht:
I.Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
II.Es werden keine Gerichtskosten gesprochen.
III.Dieses Urteil wird den Parteien, und dem Verwaltungsgericht des Kantons Bern, Sozialversicherungsrechtliche Abteilung, zugestellt.
Luzern, 17. Februar 2000
Im Namen des
Eidgenössischen Versicherungsgerichts
Der Präsident der IV. Kammer:
Der Gerichtsschreiber: