Rapport explicatif

informations issues de la génétique, du secteur clinique et de l’épidémiologie (évt. : des secteurs humain, animal et environnemental). C’est pourquoi la base légale pour une plateforme nationale d’échange est créée à l’art. 60c.

Al. 1 : l’OFSP est responsable d’exploiter une plateforme nationale d’échange destinée à la saisie et au traitement des séquençages génétiques d’agents pathogènes susceptibles de provoquer des flambées, provenant du domaine humain, du domaine des denrées alimentaires et des objets usuels, de la médecine vétérinaire et de l’environnement.

L’al. 2 définit le but de ce système : comme décrit ci-dessus, la plateforme sert à comparer le patrimoine génétique d’un agent pathogène entre un isolat provenant de l’être humain et un isolat provenant d’une denrée alimentaire, d’un objet usuel, d’un animal ou de l’environnement. Ceci toujours dans le but d’établir un lien épidémiologique ou d’identifier une source d’infection commune, afin de pouvoir prévenir de nouvelles infections et des cas potentiellement graves d’une maladie (let. a). Les séquençages génétiques effectués par les laboratoires de référence (cf. art. 15a, al. 4) sont saisis dans le système visé à l’art. 60c (let. b). Enfin, la plateforme d’échange constitue la base de données pour les autorités et les milieux de la recherche afin de répondre à des questions systémiques (approche One Health), soit des questions concernant les liens épidémiologiques, y compris ceux entre le domaine humain, le domaine des denrées alimentaires et des objets usuels, de la médecine vétérinaire et de l’environnement (let. c). Les recherches doivent être importantes pour la santé publique. Il est manifestement nécessaire de promouvoir la recherche systémique afin de pouvoir échanger davantage d’informations plus pertinentes sur les résistances aux antimicrobiens et les gènes responsables des résistances dans les domaines environnemental, animal, alimentaire et humain. Les données de la plateforme d’échange pourront donc expressément être mises à disposition des acteurs du domaine de la recherche systémique. Les prescriptions de la LPD, notamment l’art. 31, al. 2, let. e et l’art. 39, doivent être observées lorsque des données sont traitées sous l’égide de la présente disposition.

L’al. 3 détaille les données pouvant être traitées dans le système d’information. Il s’agit principalement de données sur les séquençages génétiques d’agents pathogènes et de résistances antimicrobiennes, qui décomposent leur patrimoine génétique et le comparent à des références d’informations génétiques spécifiques à un type (let. a). Des métadonnées (let. b) sont toutefois également requises pour pouvoir comparer les séquençages. Il s’agit d’informations périphériques aux données en tant que telles, qui permettent d’éliminer toute ambiguïté dans leur lecture. Ce sont d’une part des informations méthodologiques (modalités de collecte, d’entreposage, de traitement, de lecture du matériel génétique) et, d’autre part, des informations relatives au matériel analysé. Dans le secteur humain, il s’agit d’informations sur le porteur du pathogène, telles que l’âge, le sexe ou le domicile, et de données relatives à l’exposition et à la manifestation. Dans le secteur alimentaire et au niveau des objets usuels, ces informations concernent le type d’aliment, sa fabrication, son producteur et des indications sur sa distribution. Dans le domaine vétérinaire, on trouvera des informations sur l’animal malade, telles que son âge, son sexe, ses conditions de détention. Dans le domaine environnemental, ce seront des indications sur le lieu et le moment du prélèvement de l’échantillon. Ces données sont nécessaires pour contextualiser le lien génétique, autrement dit pour établir le lien entre la source d’une flambée et ses conséquences (les personnes infectées). L’exemple suivant permet d’expliciter : un centre de référence constate une concordance génétique entre plusieurs isolats issus de différents patients (p. ex. des Listeria). Une enquête est menée auprès des personnes concernées. On soupçonne que la concentration de cas est due à un aliment donné provenant d’une entreprise donnée. Le contrôle des denrées alimentaires récolte des échantillons dans l’entreprise en vue du séquençage génétique. Le centre de référence confirme une concordance génétique entre les isolats des secteurs humain et alimentaire. Le typage génétique et les métadonnées permettent de conclure à un lien et d’identifier la source. Cela serait impossible sans les métadonnées et sans les données issues du séquençage génétique.